構造再構築

本日，1237（ヒトフタサンナナ）時，研究室で昼食を取ろうと，研究室に入ると，研究室の棚にこんなのがあった．

いや，まぁ，どうでもいいんだけど…．もぅ，突っ込む気も，あえて驚く気も，フィギュアの名前を呼ぶ気もないし…．

それは，さておき，本日は午後から研究室のゼミがありました．
言わば，グループ内という小規模なの研究進捗報告会．
で，今まで，ある計算がプログラムで流れなくて，結果が出なくて，試行錯誤して，それでもダメで…の負のスパイラル．

問題は，フラグメント分子軌道法（通称，FMO法^*）のプログラムで，DNAのカウンターイオンであるナトリウムイオンと，そのDNAに結合するタンパク質の荷電アミノ酸であるリシンと反発の値を示し，計算が収束しないことが原因．
で，さらに，それを解決すべく，DNAのフラグメントにカウンターイオンを入れようとしたら，今度は入力ファイルすら受け付けずって状態．

それをゼミで話したら，リシンと反発しない距離にナトリウムイオンがある別のタンパク質の構造を少し作り変えて，最適化し，FMOにかけてはどうかというもの…．

まぁ，それが妥当だわね．

でも，それって，ほぼ構造を作るという最初の段階まで遡るのに近いのね…orz．でも，それしかないので，頑張ります．


* FMO法
物質は原子や分子の分子軌道を計算によって求めることにより，だいたいの物理的及び化学的性質を明らかにすることが可能である．しかし，その計算量は膨大であるため，タンパク質のような巨大分子では途方もない時間を要する．そこで，部分部分に分子を区切り，それについての分子軌道に関する計算を行い，その結果を元に全体の分子軌道を計算する方法．